1

莫曼

留學(xué)生(學(xué)術(shù)博士)

2017級

Effect of timing for administration of GnRH during progesterone-based ovulation synchronization on follicular dynamics and reproduction in buffalo

2

姜炳星

學(xué)術(shù)博士

2018級

瘤胃微生物影響奶水牛產(chǎn)奶性能的機制研究

3

阮氏璧鳳

留學(xué)生(學(xué)術(shù)碩士)

2019級

越南北部六省非洲豬瘟的流行病學(xué)調(diào)查及臨床病毒毒株基因型的鑒定和分析

4

李迪

學(xué)術(shù)博士

2019級

新型高精度近乎PAM-Less編輯工具fRYdCas9的相關(guān)研究

5

王雨薇

學(xué)術(shù)碩士

2020級

氨基甲酰天冬氨酸對肝臟脂肪沉積的調(diào)控研究

6

黃振文

學(xué)術(shù)博士

2020級

MDA5和RIG-I基因在雞抗禽流感中作用的研究

7

虞霖田

學(xué)術(shù)博士

2020級

基于單細(xì)胞測序聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析雞原始卵泡形成與激活基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究

8

王凱軍

學(xué)術(shù)博士

2020級

艾蒿提取物對小鼠代謝綜合征的影響及艾蒿多糖的結(jié)構(gòu)表征

9

陸穎

學(xué)術(shù)博士

2020級

豬流行性腹瀉病毒自然截短ORF3基因?qū)ζ渲虏⌒缘挠绊?/p>

10

何雷

學(xué)術(shù)博士

2020級

新冠病毒和豬流行性腹瀉病毒刺突蛋白特異性納米抗體的篩選及其功能研究

11

伍蘭英

專業(yè)碩士(非全日制)

2020級

蒼樸烏陳散治療仔豬白痢臨床研究及安全性評價

12

孫暢

學(xué)術(shù)碩士

2021級

脲基琥珀酸對小鼠脂肪沉積的影響

13

鄺甜甜

學(xué)術(shù)碩士

2021級

桑葉多糖對AFB1誘導(dǎo)的肝損傷的保護作用

14

李笑巖

專業(yè)碩士(全日制)

2021級

基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)探究雞雜種優(yōu)勢的遺傳基礎(chǔ)

15

程蔓

專業(yè)碩士(全日制)

2021級

飼料中添加枯草芽孢桿菌B211Y對羅非魚生長性能及生理指標(biāo)的影響

16

任宣

學(xué)術(shù)博士

2021級

BRG1通過PI3K/AKT/糖酵解途徑提高豬iPSCs誘導(dǎo)效率和促進多能性維持的機制研究

17

杜文婭

學(xué)術(shù)博士

2021級

基于CUT&Tag和RNA-seq探究TBX5調(diào)控雞毛腳發(fā)育的分子機制

18

莫家遠

學(xué)術(shù)博士

2021級

整合基因組、代謝組和微生物組學(xué)數(shù)據(jù)解析豬重要經(jīng)濟性狀的研究

研究生姓名

Muhammad Usman Mehmood (莫曼)

入學(xué)日期

2017年9月

指導(dǎo)教師

陸陽清教授

論文題目

基于孕酮的排卵同步期間GnRH給藥時間對水牛卵泡動力學(xué)和生殖的影響

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

In the first study, oocytes derived from follicles of paired ovaries from cyclic animals with higher plasma progesterone levels significantly improvedin-vitroblastocyst development. Understanding the effects of progesterone from cyclic animals on oocytes to improve embryo development could revolutionize the use of progesterone devices to synchronize estrus and ovulation, leading to better reproductive outcomes in buffaloes. In the second study, administering GnRH at TAI-84 hours after MAP sponge removal improves the follicular growth rate, increases preovulatory follicle size, and shortens the interval from AI to ovulation (ovulation synchronization), leading to greater P/AI in buffaloes. However, the question arises as to whether administering GnRH at 84 hours after CIDR removal can develop a better CL to improve the conception in recipient embryo transfer buffaloes. Therefore, in the third study, administering GnRH at 84 hours after CIDR removal resulted in a short ovulation interval (with respect to the GnRH administration at 84 hours, ovulation synchronization), larger preovulatory follicle size with high estradiol, greater progesterone concentration, and a larger corpus luteum for maintaining pregnancy. This led to increased conception success in recipient buffaloes receivedin-vitroproduced embryos. In the fourth experiment, administration of GnRH at 84 hours after CIDR removal elicits information about serum metabolites and enrichment pathways associated with energy production, vitamin B6, porphyrin, and steroidogenesis at 90 hours. The differentially expressed metabolites and pathways were linked with follicular growth, higher serum E2 concentrations, and corpus luteum development in buffaloes treated with GnRH-84 after CIDR removal.

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

1. The first study delves into the in-vitro domain, demonstrating that oocytes derived from the follicles of paired ovaries from cyclic animals with higher plasma progesterone levels significantly enhanced in-vitro blastocyst development. This study paved the way for the follow-up study, which found that progesterone devices enable the synchronization process during the estrous cycle to guide the precise timing of GnRH administration for ovulation synchronization, subsequently improving conception (Chapter 2).

2. This groundbreaking study for the first time on buffaloes found thatadministering the GnRH at TAI-84 hours, shortening the interval from AI to ovulation by 14 hours, better ovulation synchronization, led to a greater P/AI compared to the TAI-84 groups. This study opens new horizons in buffalo reproduction, offering new strategies for breeders to raise their income (Chapter 3).

3. This study, for the first time, established a foundation for developing a standardized protocol for recipient buffaloes received in-vitro produced embryos. It was found that the timing for the administration of GnRH at 84 hours after CIDR removal shortened the interval to ovulation (with respect to the GnRH administration at 84 hours), improved preovulatory follicle size, higher E2 levels with an early rise in P4 concentrations, and larger CL development. These outcomes likely enhance pregnancy maintenance (Chapter 4).

4. Administering GnRH at 84 hours after CIDR removal improves serum metabolites and enrichment pathways related to follicular and corpus luteum development with higher serum estradiol. Incorporating pyridoxine into the progesterone-based ovulation synchronization could offer a holistic approach to improve fertility in buffaloes. Moreover, the integration of endocrine and metabolic regulation represents a holistic approach to improve the reproductive efficiency of buffaloes by establishing an optimal environment for embryo implantation and pregnancy maintenance (Chapter 5).

研究生姓名

姜炳星

入學(xué)日期

2018年9月

指導(dǎo)教師

石德順

論文題目

瘤胃微生物影響奶水牛產(chǎn)奶性能的機制研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

研究內(nèi)容：本研究采用多組學(xué)技術(shù)探究分析了奶水牛的瘤胃微生物群落及其代謝物，以及血清代謝物與產(chǎn)奶性能的關(guān)系，以解析瘤胃微生物與宿主之間的互作機制及其影響產(chǎn)奶性能的作用機制。

重要結(jié)論：奶水牛的產(chǎn)奶量、乳脂含量和乳成分與其瘤胃微生物的種群和功能有關(guān)。瘤胃微生物對奶水牛產(chǎn)奶性能的影響是通過其代謝物影響到血清代謝物，最終通過血清代謝物影響到乳腺泌乳機能實現(xiàn)的。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

（1）以往對奶水牛的泌乳研究普遍圍繞在日糧和環(huán)境等外界因素，而本研究將目光聚焦在較少被關(guān)注的瘤胃微生態(tài)和宿主代謝因素，并明確了它們在奶水牛產(chǎn)奶性能上的重要作用。

（2）本研究基于多組學(xué)技術(shù)綜合探討了瘤胃微生物與宿主之間的相互作用，首次揭示了影響奶水牛產(chǎn)奶量和乳脂含量的瘤胃微生物組成、功能、代謝和宿主代謝機制，并且進一步通過組學(xué)貢獻度分析確定了宿主血清代謝組對奶水牛產(chǎn)奶量和乳脂含量的重要貢獻，打破了瘤胃微生物對宿主表型影響程度最大的傳統(tǒng)認(rèn)知，為奶水牛瘤胃微生態(tài)調(diào)控提供了重要的理論依據(jù)。

（3）本研究在奶水牛產(chǎn)奶性狀上同時兼顧了產(chǎn)量和品質(zhì)兩個方面，不僅解析了瘤胃微生物與宿主協(xié)同調(diào)控奶水牛產(chǎn)奶量和乳脂含量的作用機制，還進一步解析了瘤胃微生物與宿主協(xié)同調(diào)控奶水牛乳脂肪酸組成和乳蛋白質(zhì)組成的作用機制，為高品質(zhì)功能性水牛乳飲品的研發(fā)提供了新方向。

研究生姓名

李迪

入學(xué)日期

2019年9月

指導(dǎo)教師

楊小淦

論文題目

新型高精度近乎無PAM編輯工具fRYdCas9的相關(guān)研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

高精度基因編輯工具在遺傳育種與生物醫(yī)藥方面有著重要應(yīng)用。已報道的fdCas9采用雙sgRNA策略來提高編輯準(zhǔn)確性。然而，fdCas9的應(yīng)用范圍受到限制。在本研究中我們通過用RYdCas9替代dCas9的方式改進了fdCas9，并命名為fRYdCas9。我們對fRYdCas9的打靶效率、sgRNA設(shè)計規(guī)則、PAM需求、FokI切割特征等方面進行了一系列研究。我們認(rèn)為fRYdCas9的PAM需求等同于RYCas9，同時，我們通過兩種脫靶檢測方式確認(rèn)了fRYdCas9的高保真性，且小鼠胚胎編輯顯示fRYdCas9具有較高的編輯能力。總之，fRYdCas9擴充了高精度基因編輯領(lǐng)域的工具箱。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

創(chuàng)新點1

通過將fdCas9的核心元件替換為RYdCas9，解除了fdCas9由于雙sgRNA引導(dǎo)固有的兩個PAM序列限制其應(yīng)用的問題，新編輯器極大拓展了雙sgRNA引導(dǎo)系統(tǒng)的打靶范圍。

創(chuàng)新點2

通過3條寡聚核苷酸，將感興趣部分合成為隨機堿基后用于PCR底物與上下游引物，低成本構(gòu)建了打靶文庫，接下來通過慢病毒將文庫中的序列整合到細(xì)胞中，用編輯器進行打靶，以研究編輯器的特性。這一文庫構(gòu)建方法可以拓展用于其他編輯器的打靶研究。

創(chuàng)新點3

通過選擇sg依賴型脫靶較高的sgRNA，反向證明雙sgRNA引導(dǎo)的fRYdCas9能夠?qū)gRNA依賴型的脫靶降到極低。該實驗設(shè)置有效地利用fRYdCas9的使用特點來說明fRYdCas9的高保真性。

創(chuàng)新點4

通過GOTI證明fRYdCas9脫靶較低的同時，也檢測了NLS-FokI的脫靶。而有些研究認(rèn)為FokI作為同源二聚體可能發(fā)生自發(fā)性聚合從而隨機切割基因組。我們的研究結(jié)果為這類看法提供了不一樣的視角。

研究生姓名

黃振文

入學(xué)日期

2020年9月

指導(dǎo)教師

陸陽清

論文題目

MDA5和RIG-I基因在雞抗禽流感中作用的研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

雞MDA5基因在DF-1細(xì)胞中抗禽流感病毒作用的研究

在DF-1細(xì)胞中敲除雞MDA5基因降低了細(xì)胞對禽流感病毒的抗病能力，過表達雞MDA5基因提升了細(xì)胞對禽流感病毒的抗病能力，表明雞MDA5基因是響應(yīng)抗禽流感病毒感染的關(guān)鍵基因。

鴨RIG-I基因在DF-1細(xì)胞中抗禽流感病毒作用的研究

無論是外源性MDA5還是內(nèi)源MDA5啟動子表達鴨RIG-I基因均不能提高細(xì)胞對禽流感病毒的抗病能力，反而降低了對禽流感病毒的抗病能力，表明在DF-1細(xì)胞中MDA5是抵抗禽流感感染的主效基因，RIG-I基因不能替代MDA5的作用。

3、RIG-I轉(zhuǎn)基因雞個體抗禽流感病毒的研究

外源性MDA5啟動子表達鴨RIG-I基因的轉(zhuǎn)基因雞抗禽流感病毒的能力降低，表明RIG-I基因的缺失不是雞對禽流感更敏感的主要原因。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

1、通過過表達與基因敲除技術(shù)證明了雞MDA5基因在抗禽流感中具有重要作用。

2、本研究采用內(nèi)源性與外源性MDA5的啟動子表達RIG-I基因，使DF-1細(xì)胞中RIG-I的表達模式變成條件性的誘導(dǎo)表達模式，這種表達模式更接近于正常生理條件下RIG-I的表達模式，同時我們證明這種表達模式不僅不能提高細(xì)胞抗禽流感的能力，反而降低了細(xì)胞的抗病能力。

3、創(chuàng)制了RIG-I轉(zhuǎn)基因雞，在個體水平證明了外源MDA5基因啟動子表達RIG-I基因并未提升雞對禽流感的抗病能力。

研究生姓名

虞霖田

入學(xué)日期

2020年9月

指導(dǎo)教師

陸陽清

論文題目

基于單細(xì)胞測序聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析雞原始卵泡形成與激活基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

1.通過單細(xì)胞測序以及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析解析了原始卵泡形成階段雞卵巢中的24個細(xì)胞群及其基因表達特征，首次繪制早期階段雞卵巢單細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄圖譜。

2.解析了雞原始卵泡形成過程中卵巢細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，前體顆粒細(xì)胞和前體卵泡膜細(xì)胞的亞細(xì)胞群的特征以及擬時序發(fā)育軌跡，揭示雞原始卵泡形成過程中生殖細(xì)胞丟失的主要機制為自噬。

3.通過單細(xì)胞測序揭示雞卵巢原始卵泡形成和激活過程中細(xì)胞間復(fù)雜的通訊網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)生殖細(xì)胞的缺失會顯著影響卵巢細(xì)胞間的通訊模式，為深入了解雞卵巢發(fā)育提供了新的見解。

4.揭示類固醇激素通路在早期的雛雞卵巢中具有促進原始卵泡形成的作用，鑒定GREB1是雞原始卵泡形成階段類固醇激素通路下游的主要效應(yīng)基因。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

1.分析雛雞卵巢的早期發(fā)育過程，揭示雞生殖細(xì)胞巢崩解、原始卵泡形成以及激活的關(guān)鍵時間點分別在2、5.5和10.5日齡；通過單細(xì)胞測序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)鑒定了雛雞卵巢的細(xì)胞群及其特征，首次繪制了雞早期卵巢單細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄圖譜。

2.本研究首次系統(tǒng)分析了雞早期發(fā)育階段卵巢的微環(huán)境，初次繪制了前體顆粒細(xì)胞和前體卵泡膜細(xì)胞發(fā)育的時序軌跡，揭示了卵巢細(xì)胞之間的通訊信號以及生殖細(xì)胞缺失后對卵巢細(xì)胞通訊的影響。

3.本研究通過在體試驗揭示了類固醇激素通路在早期雛雞卵巢中發(fā)揮了促進原始卵泡形成的作用，并鑒定出GREB1為其下游主要效應(yīng)基因，為雞原始卵泡形成的調(diào)控研究提供新的線索。

研究生姓名

王凱軍

入學(xué)日期

2020年9月

指導(dǎo)教師

司紅彬

論文題目

腸道微生物介導(dǎo)艾蒿提取物對小鼠代謝綜合征的影響及其機理研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

本課題選用艾蒿作為實驗原料，制備獲得艾蒿水提物，艾蒿精油和艾蒿多糖。通過誘導(dǎo)小鼠MS模型，驗證三種艾蒿提取物是否能夠緩解小鼠MS，研究內(nèi)容如下：

艾蒿水提物、艾蒿精油和艾蒿多糖對MS小鼠體重、脂肪重量、血液脂代謝指標(biāo)、腸道上皮結(jié)構(gòu)、腸道微生物、氨基酸水平、血清和糞便代謝組學(xué)的影響。

艾蒿多糖與抗生素聯(lián)用對MS小鼠體重、脂肪重量、血液脂代謝指標(biāo)、腸道上皮結(jié)構(gòu)和氨基酸水平的影響。

艾蒿多糖調(diào)控糞菌移植小鼠體重、脂肪重量、血液脂代謝指標(biāo)、腸道上皮結(jié)構(gòu)、腸道微生物和氨基酸水平。

A.indistinctus調(diào)控MS小鼠體重、脂肪重量、血液脂代謝指標(biāo)和氨基酸水平。

艾蒿多糖的理化性質(zhì)、甲基化、核磁共振分析與結(jié)構(gòu)表征。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

本課題首次通過對比艾蒿三種提取物對小鼠MS治療進行了研究。

1）艾蒿水取物確定能夠緩解小鼠MS。進一步分離出艾蒿精油和艾蒿多糖進行驗證，確定艾蒿提取物緩解小鼠MS的機制。

2）艾蒿精油不是通過腸道微生物而是通過代謝物起治療作用，其緩解小鼠MS可能與亞油酸代謝、甘油磷脂代謝和花生四烯酸代謝相關(guān)。

3）艾蒿多糖治療小鼠MS完全依賴于腸道微生物，經(jīng)抗生素實驗、糞菌移植實驗和單菌定植實驗聯(lián)合使用，通過微生物組和代謝組聯(lián)合鑒定出艾蒿多糖通過A.indistinctus影響支鏈氨基酸代謝抵抗小鼠MS。

4）首次鑒定出艾蒿多糖的精細(xì)結(jié)構(gòu)為：α-D-Glcp-1→(1-β-D-Fruf-2)64→1-β-D-Fruf。推斷出多糖中的β-D-Fru結(jié)構(gòu)可能對小鼠抗MS起主要作用。

研究生姓名

陸穎

入學(xué)日期

2020年9月

指導(dǎo)教師

黃偉堅

論文題目

豬流行性腹瀉病毒自然截短ORF3基因?qū)ζ渲虏⌒缘挠绊?/p>

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

主要研究內(nèi)容：本研究在廣西首次發(fā)現(xiàn)PEDV自然截短的ORF3基因，對2017至2023年采集的113條ORF3序列進行分析，揭示了該地區(qū)多條PEDV傳播鏈，為防控提供理論支持。分離出自然截短（17GXCZ-1ORF3d）和完整ORF3基因毒株（17GXCZ-1ORF3c），評估其不同代次的致病性，自然截短的PEDV弱毒株對異源G2a亞型PEDV表現(xiàn)出部分被動保護作用。差異基因表達分析揭示截短ORF3基因在宿主免疫調(diào)控中的作用。此外，構(gòu)建基于截短ORF3的反向遺傳平臺，為PEDV研究提供技術(shù)支持。

重要結(jié)論：廣西PEDV自然截短ORF3基因的發(fā)現(xiàn)豐富了PEDV基因多樣性；截短毒株在仔豬中致病性較高，表明該基因影響毒力，且體外傳代后毒力減弱。免疫試驗證明其對異源G2a亞型PEDV有一定保護作用，反向遺傳平臺的建立為PEDV功能研究及疫苗開發(fā)提供技術(shù)平臺。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

1.首次在廣西地區(qū)發(fā)現(xiàn)PEDV自然截短的ORF3基因，基于ORF3基因的進化分析將其歸為獨立分支，并揭示了該地區(qū)的主要傳播鏈，為區(qū)域性防控提供理論支持。

2.成功分離攜帶自然截短ORF3基因的PEDV毒株，證實其在仔豬中表現(xiàn)出更強的致病性。此外，轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析揭示了自然截短ORF3基因調(diào)節(jié)宿主免疫應(yīng)答的重要作用。

3.通過體外傳代的適應(yīng)性和致病性研究，推測自然截短的ORF3基因可能會加速PEDV的毒力減弱。自然截短的PEDV弱毒株對異源G2a亞型PEDV表現(xiàn)出部分被動保護作用，為臨床免疫策略提供科學(xué)依據(jù)。

研究生姓名

何雷

入學(xué)日期

2020年9月

指導(dǎo)教師

李義平

論文題目

新冠病毒和豬流行性腹瀉病毒刺突蛋白特異性納米抗體的篩選及其功能研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論：

（1）本研究構(gòu)建了SARS-CoV-2和PEDV納米抗體免疫文庫，可用于SARS-CoV-2 S1和PEDV相關(guān)納米抗體的篩選。

（2）本研究篩選出8個SARS-CoV-2 S1蛋白特異性中和納米抗體（Nb1-8），對Nb1和2進一步研究顯示：納米抗體識別的是RBD區(qū)的構(gòu)象表位；抗體能有效中和實驗所涉及的13個SARS-CoV-2毒株（WT，BA.1、BA.2、BA.3、BA.5、BA.2.75、BF.7、BQ.1、EG.5.1、XBB.1.5、JN.1、XBB.1.16）；丙氨酸掃描實驗顯示S375、K378、D405、G446位點對抗體在RBD上的識別具有重要作用；通過分子動力學(xué)模擬解析抗體發(fā)揮中和活性的機制。

（3）本研究篩選出5個PEDV S1蛋白特異性納米抗體（P1-5），P1識別位于S1蛋白的線性表位，其余抗體識別的為構(gòu)象表位；P1和P5能有效中和實驗室分離的3個PEDV毒株；通過分子動力學(xué)模擬解析抗體中和活性的機制。對納米抗體的檢測功能探索顯示：P4和P5可以進行配對制備膠體金檢測卡，用于PEDV檢測；P1和P5可結(jié)合胞內(nèi)感染的PEDV，可用于PEDV的組織分布和病理學(xué)研究。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

本課題篩選獲得8個SARS-CoV-2特異性納米抗體序列，納米抗體具有廣譜的SARS-CoV-2中和活性，能有效中和實驗中涉及的13個SARS-CoV-2毒株（WT、EG.5.1、BF.7、BQ.1、BA.2.75、BA.1、BA.2、BA.3、BA.5、BA.5.2、XBB.1.5、XBB.1.16和JN.1）。進一步對納米抗體發(fā)揮中和活性的作用機制和關(guān)鍵中和位點進行分析，為后續(xù)研發(fā)高效、廣譜的SARS-CoV-2治療性抗體奠定實驗基礎(chǔ)和候選抗體。

本課題分離出3個PEDV病毒株，利用滅活的病毒免疫羊駝構(gòu)，建PEDV特異性免疫文庫。我們利用噬菌體展示技術(shù)對文庫進行篩選，獲得到5個PEDV特異性納米抗體，能有效中和實驗室分離的PEDV。納米抗體通過抗體配對制備的膠體金檢測卡能夠靈敏的識別PEDV，為后期現(xiàn)場病毒檢測奠定研究基礎(chǔ)；免疫熒光試驗顯示納米抗體能特異性與細(xì)胞內(nèi)的PEDV病毒結(jié)合，后期可用為PEDV的組織分布的鑒定和相關(guān)病理學(xué)研究提供實驗工具。

綜上，本研究構(gòu)建了SARS-CoV-2和PEDV Spike免疫文庫，建立了噬菌體展示技術(shù)，獲得多個具有病毒中和活性的納米抗體，為發(fā)展靶向Spike蛋白的抗冠狀病毒抗體藥物奠定了科學(xué)和實驗基礎(chǔ)。

研究生姓名

任宣

入學(xué)日期

2021年3月

指導(dǎo)教師

李湘萍

論文題目

BRG1通過PI3K/AKT/糖酵解途徑提高豬iPSCs誘導(dǎo)效率和促進多能性維持的研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

研究內(nèi)容：本研究首先比較了不同氧氣條件下豬iPSCs誘導(dǎo)效率、BRG1、多能性和糖酵解相關(guān)基因表達的差異；其次利用正負(fù)調(diào)控BRG1基因表達的方法分析其對豬iPSCs誘導(dǎo)效率的影響，從PI3K/AKT通路和糖酵解代謝等方面對其作用機理進行探究；最后分析BRG1基因在豬iPSCs多能性維持方面的作用，并且從PI3K/AKT/糖酵解和WNT/β-Catenin/自噬途徑兩個方面闡明其作用機制。

重要結(jié)論：過表達BRG1基因可減少H3K9me3在糖酵解和多能性相關(guān)基因啟動子區(qū)的富集，并且增強糖酵解相關(guān)基因啟動子的轉(zhuǎn)錄活性。BRG1可通過激活PI3K/AKT信號通路促進糖酵解代謝，進而提高豬iPSCs誘導(dǎo)效率。BRG1可以通過PI3K/AKT/糖酵解和WNT/β-catenin/自噬途徑促進豬iPSCs多能性維持。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

（1）首次探討調(diào)控BRG1基因表達對豬iPSCs誘導(dǎo)效率的影響。

（2）首次揭示BRG1基因在體細(xì)胞重編程過程中對糖酵解代謝的調(diào)控作用，并且解析其對糖酵解相關(guān)基因啟動子區(qū)轉(zhuǎn)錄活性以及表觀修飾水平的影響。

（3）首次闡述BRG1基因通過PI3K/AKT/糖酵解途徑影響豬iPSCs誘導(dǎo)效率和多能性維持。

（4）首次發(fā)現(xiàn)BRG1基因通過WNT/β-catenin/自噬途徑對豬iPSCs多能性維持的促進作用。

研究生姓名

杜文婭

入學(xué)日期

2021年3月

指導(dǎo)教師

楊秀榮

論文題目

基于CUT&Tag和RNA-seq探究TBX5調(diào)控雞毛腳發(fā)育的分子機制

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

本研究以廣西地方雞為試驗對象，首先通過試驗驗證因果位點與毛腳性狀的相關(guān)性及對TBX5的調(diào)控。其次通過石蠟切片染色觀察雞胚胎期毛腳、鱗片腳和翅膀皮膚的形態(tài)發(fā)育，確定毛腳和鱗片腳發(fā)育差異關(guān)鍵時期并進行RNA-seq分析。然后基于CUT&Tag和RNA-seq聯(lián)合分析鑒定TBX5關(guān)鍵靶基因。最后從細(xì)胞水平探究TBX5關(guān)鍵靶基因的功能。主要結(jié)果如下：1、因果位點與毛腳性狀的顯著相關(guān)，且該位點突變促進下游基因TBX5的轉(zhuǎn)錄。2、揭示了雞胚胎期毛腳、鱗片腳和翅膀皮膚組織形態(tài)發(fā)育，并通過RNA-seq分析篩選毛腳重要候選基因及相關(guān)通路。3、利用CUT&Tag測序分析篩選TBX5作用的DNA片段，并基于CUT&Tag與RNA-seq鑒定TBX5關(guān)鍵靶基因。4、在雞脛部真皮成纖維細(xì)胞過表達TBX5后，WNT11的表達顯著升高；干擾TBX5后結(jié)果與過表達相反。5、WNT11可促進雞脛部真皮成纖維細(xì)胞的增殖和遷移。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

（1）探究了毛腳性狀因果位點與下游基因TBX5的調(diào)控關(guān)系。

（2）基于CUT&Tag和RNA-seq鑒定TBX5關(guān)鍵靶基因。

研究生姓名

莫家遠

入學(xué)日期

2021年3月

指導(dǎo)教師

蘭干球

論文題目

整合基因組、代謝組和微生物組學(xué)數(shù)據(jù)解析豬重要經(jīng)濟性狀的研究

論文主要研究內(nèi)容及重要結(jié)論（≤300字）：

本研究利用基因組、代謝組和微生物組更全面地解析血清代謝物和腸道微生物與豬各種重要經(jīng)濟性狀之間的互作；利用GWAS和分子對接等手段全面篩選影響豬血清代謝物和腸道微生物的因素，為深入理解宿主基因組到表型的關(guān)鍵節(jié)點提供科學(xué)依據(jù)；利用多個群體、多種組學(xué)和多種方法驗證從宿主基因組到飼料利用效率性狀的關(guān)鍵節(jié)點，完善宿主基因組—血清代謝物—腸道微生物—表型軸，為飼料利用效率的選育和提高提供科學(xué)依據(jù)；不僅為提高豬的重要經(jīng)濟性狀提供了大量分子標(biāo)記、代謝物標(biāo)記和腸道微生物標(biāo)記，還提出了CYPA71基因—豬膽酸—乳酸菌—FCR軸存在的可能性，為進一步理解宿主基因組與表型之間的關(guān)系提供了更堅實的基礎(chǔ)。

論文的創(chuàng)新點內(nèi)容：

1、首次將腸菌力的概念發(fā)展到代謝力，首次計算了YY豬17種經(jīng)濟性狀的代謝力、239種腸道微生物的代謝力、5062種血清代謝物的遺傳力和腸菌力；

2、首次對YY豬的5062種血清代謝物與17種性狀和239種腸道微生物進行了聯(lián)合分析和GWAS，獲得了多個腸道微生物和血清代謝物的重要候選基因；

3、首次提出了更復(fù)雜的宿主—血清代謝物—腸道微生物—表型軸，發(fā)現(xiàn)CYP7A1基因高表達可能通過促進豬膽酸的生成來降低乳酸菌豐度進而降低豬的FCR。